John Petrucci affectionne particulièrement les guitares de la marque B.C. Rich, Ibanez et Ernie Ball Music Man. Il possède quelques exemplaires de chaque. Mais cela ne l’empêche pas de trouver les autres marques intéressantes et d’en acquérir. Notons juste que les guitares signées Ernie Ball Music Man de Petrucci sont faites sur mesure et se composent de 6 ou 7 cordes selon les besoins particuliers du morceau qu’il jouera.

On trouve alors parmi toute sa panoplie :

• Une JP16 : c’est la guitare qui résulte de la combinaison du modèle de signature original John Petrucci et plus tard des modèles Ball Family Reserve.
• Une MusicMan John Petrucci JPXI-6 Electric Guitar : sortie en septembre 2011, cette guitare est la suite logique de l’évolution des modèles produits par Ernie Ball Musicman pour les John Petrucci Signature. C’est la version 6 cordes du modèle.
• Une MusicMan John Petrucci JPXI-7 7-String : l’une des guitares 7 cordes que Petrucci manipule.
• Une MusicMan JP Baritone BFR Electric Guitar Tobbaco Burst : elle a été conçue avec la collaboration directe et étroite de John Petrucci lui-même.
• Une MusicMan JPXI Aluminum-Top Custom Electric Guitar : lorsque les modèles BFR et JPX sont combinés cela donne cette guitare.
• Une Musicman JP Blue Sparkle Doubleneck : John Petrucci l’utilise souvent sur scène.
• Une MusicMan John Petrucci Majesty 7 String Siberian Sapphire : elle a été conçue suite à la demande expresse de John Petrucci pour une guitare plus performante, avec une jouabilité améliorée et un design hors du commun.
• Une Ibanez Universe UV70P-BK : on peut voir cette guitare entre les mains de Petrucci dans le clip du titre « Lie » de « Dream Theater« .
• Une Ibanez John Petrucci Signature JPM100 : pensée par John Petrucci mais conçue par Ibanez, cette guitare est le fruit d’une longue et fructueuse collaboration entre la marque et le guitariste. Le design est par contre réalisé par un freelance qui travaille pour Ibanez, du nom de Dan Lawrence.
• Une Ibanez Talman Electric Guitar : qu’on peut voir à l’oeuvre entre les mains de John Petrucci sur « Anna Lee » de « Dream Theater« .  

Pour les guitares acoustiques, ce sont les Taylors qui l’ont surtout séduit :

• Taylor 916ce : cette guitare a été fabriquée en édition limitée spécialement pour Petrucci. 
• Taylor 856ce 12-String Acoustic/Electric Guitar : John Petrucci l’utilise notamment lors de la performance live de « Heaven’s Cove » de « Dream Theater ».
• Taylor 712ce Acoustic Electric Guitar : utilisée principalement en live par Petrucci.

Affectionnant les sons juteux et très clean, John Petrucci a préféré opter surtout pour des produits de la marque Mesa Boogie :

• Mesa Boogie JP-2C John Petrucci Signature Amplifier Head : cet amplificateur signature marque les 30 ans de relation entre John Petrucci et la marque Mesa.
• Mesa Boogie Simul-Class 2:Ninety Stereo Tube Power Amp : c’est l’ampli à l’origine du son plus riche et plus chaud de Petrucci.
• Mesa Boogie Triaxis Guitar Preamp : utilisé lors de la tournée du théâtre de rêve de 2014 « Along for the Ride ».
• Mesa Boogie Mini Rectifier Cabinet – 60W 1×12″ Slant Black : pour la tournée « Along for the Ride », en 2014, Petrucci avait réduit son équipement MESA en un préampli Triaxis, une unité de puissance 2: 90 couplée avec deux de ces cabines Rectifier 1×12 et deux cabines 1×12 Mini Rectifier.
• Mesa Boogie Rectifier 1×12 RECTO® CABINET 
• Mesa Boogie Mark V Head : en édition limitée, il est signé à la main par John Petrucci et Randall Smith.
• Mesa Boogie Dual Rectifier Road King I Head : lors de la tournée « Train of Thought » de 2004, la plate-forme d’équipement de Petrucci comprend trois de ces  têtes Mesa Boogie Road King.
• Mesa Boogie 4×12 Rectifier Standard Cab : Petrucci en a deux qu’il isole du reste de ses amplis lorsqu’il les branche sur scène parce qu’ils sont extrêmement bruyants.
• Mesa Boogie Mark IIC+ Head : également un modèle en édition limitée et signé de la main de Petrucci et de Randall Smith. 
• Mesa Boogie High Gain Amplifier Switch : utilisé lors du « World Tourbulence tour » en 2002.
• Mesa Boogie Rectifier Power Amp  
• Crown MA3600VZ Stereo Power Amplifier : c’est un des racks d’ampli de scène de Petrucci.

Les effets de ce guitar hero sont tout aussi nombreux que sa variété de techniques peut l’être:

• Fractal Audio Systems Axe-Fx II : c’est le simulateur d’ampli guitare en rack qu’utilise généralement Petrucci en live.
• 1 Korg DTR-1 Tuner : utilisé lors du World Torbulence Tour en 2002.
• 1 Dunlop DCR-2SR rack Wah : cette pédale a été conçue à partir des réglages de John Petrucci en personne.
• 1 DBX 166XL Compressor/Noise Gate : utilisée lors du « Train of Thought Tour » en 2004.
• Dunlop John Petrucci Signature Crybaby Wah JP-95 : comme tout modèle de signature, cette pédale contient les réglages personnels d’usine de John Petrucci. Elle est le résultat de la quête interminable de John et de la marque Dunlop du parfait son Wah. 
• Boss DC-2 Dimension C : utilisée par Petrucci lors de la tournée « Along for the Ride ».
• 1 Boss Keeley mod TR-2 Tremolo Pedal : comme beaucoup d’autres guitaristes, Petrucci a été séduit par la capacité de cet effet à produire une gamme de sons de tremolos classiques.
• 1 MXR EVH Flanger : que Petrucci trouve cool comme pédale d’effet.
• 1 Ibanez Keeley mod Tube Screamer TS9DX Flexi : Petrucci l’utilise généralement sur scène, lors de ses tournées à travers le monde entier.
• 1 MXR EVH Phase 90 : on peut voir sur le site web officiel de John Petrucci qu’il a utilisé cet effet lors du « Black Clouds & Silver Linings Tour ».
• 1 Hermida Tech Zendrive  
• 1 Dunlop MXR Wylde Overdrive : utilisée pour les gros sons lourds de Petrucci. 
• 1 MXR Stereo Chorus 
• 1 Boss DS-1 Distortion pedal : le fait que Petrucci ne dépende pas d’un seul pédalier d’effet pour exécuter ses solos explique la présence de cet effet Boss et beaucoup d’autres dans sa panoplie.
• 1 Eventide Timefactor twin Delay : compté dans ses équipements comme un outil de création, cet effet est selon Petrucci le plus apte à reproduire le plus fidèlement en live les diverses textures de guitare qu’il crée à l’aide de plusieurs pédaliers d’effets en studio. 
• 1 T.C. Electronics 2290 : toujours présent parmi l’ensemble de ses équipements live.
• TC Electronic 1210 Spatial Expander/ Stereo Chorus/ Flanger  
• 1 T.C. Electronics M3000 : qui complète les équipements pour la « World Tourbulence tour » en 2002.
• 1 Eventide DSP7000 Harmonizer : présent également dans le rack d’effets de Petrucci lors de la « World Tourbulence tour » en 2002.
• 1 Furman AC Line Regulator AR-Pro : qui est le régulateur de tension de ligne utilisé par Petrucci.
• 3 Axess Electronics CFX-4 Loop Switcher : familier des produits électroniques de cette marque depuis longtemps, ce boitier de looper trouve donc naturellement sa place dans sa panoplie.
• 2 Axess Electronics GRX-4 Loop Switcher
• Axess Electronics FX-1 midi foot controller pedalboard : qui permet à Petrucci de contrôler complètement tout son pédalier d’effets.  Six boutons de ce pédalier contrôle sont prédéfinis : un et deux sont clean; trois et quatre sont rythmés; cinq et six sont des tonalités principales. Ensuite, il y a tous les commutateurs d’accès instantanés pour tous les autres effets comme le chorus, les trois retards et l’harmonizer, qui lui, est dans les effets Axe.
• Framptone Amp Switcher box : inclus dans la plateforme d’effets de Petrucci, cette pédale est utilisée à la manière d’un petit pédalier satellite car le signal s’inscrit dans sa case A / B où deux sorties sont présentes : l’une électrique et l’autre acoustique. Pour l’acoustique, à la sortie, se branche une pédale Fishman Aura 16 qui se dirige vers un DI et à droite sur la PA. Du coté électrique, à l’entrée de la plateforme, est branché  le Dunlop Wah.
• Carl Martin compressor/Limiter : John Petrucci a essayé plusieurs pédales compresseurs avant d’arrêter son choix sur cette marque et depuis il l’utilise toujours en studio de répète.
• Boss PH-3 Phase Shifter : utilisée pour le solo de « Curve » de l’album solo de Petrucci « Suspended Animation« .
• Voodoo Lab Pedal Power : la puissance du pédalier d’effets de John Petrucci vient de cet effet-là.
• Boss Tuner pedal : présente surtout parmi la plateforme en live de John Petrucci.
• TC Electronic TonePrint Chorus : c’est la pédale de chorus qu’utilise Petrucci le plus souvent en studio.